軟件介紹

ImageJ是一款專業(yè)級別的圖形分析工具，具有非常強(qiáng)大的對比功能，可以對各種顯微鏡下照片進(jìn)行分析以及數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)，在生物及醫(yī)學(xué)圖像分析中起到非常重要的作用，當(dāng)然只要需要圖像分析的領(lǐng)域，這款軟件都能發(fā)揮作用，歡迎網(wǎng)友前來下載使用。

軟件特色

1、可運(yùn)行于Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus等多種平臺。

2、ImageJ官方免費(fèi)版能夠顯示，編輯，分析，處理，保存，打印8位，16位，32位的圖片。

3、支持絕大部分圖片格式，包括TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多種格式。

4、ImageJ支持圖像棧功能，即在一個(gè)窗口里以多線程的形式層疊多個(gè)圖像， 并行處理。

5、ImageJ可以進(jìn)行豐富的基本圖像操作， 比如縮放，旋轉(zhuǎn)， 扭曲， 平滑處理外等。

6、能進(jìn)行圖片的區(qū)域和像素統(tǒng)計(jì)， 間距角度計(jì)算， 能創(chuàng)建柱狀圖和剖面圖，進(jìn)行傅里葉變換。

7、ImageJ是一個(gè)開放結(jié)構(gòu)的軟件，基于java的公共的圖像處理軟件， 支持用戶自定義插件和宏。

8、自帶編輯器， 并且導(dǎo)入了java的編譯器，實(shí)現(xiàn)了簡單的IDE功能，用戶可直接進(jìn)行圖像處理。

使用方法

使用Multi-Point工具進(jìn)行計(jì)數(shù)

打開ImageJ軟件，F(xiàn)ile，Open打開待分析圖片：

點(diǎn)擊point工具，右擊，選擇Multi-Point工具，手動點(diǎn)擊進(jìn)行計(jì)數(shù)：

點(diǎn)擊Analyze–>Measure，可以看見此時(shí)計(jì)數(shù)數(shù)量為23個(gè)，保存圖片即可。

Cell Counter進(jìn)行細(xì)胞計(jì)數(shù)

點(diǎn)擊Plugins–>Analyze–>Cell Counter，界面如下：

點(diǎn)擊Initialize，可以對不同類型的細(xì)胞進(jìn)行計(jì)數(shù)：

可以看見Type1、Type2、Type3計(jì)數(shù)結(jié)果分別為2、1、2個(gè)。本方法可以同時(shí)對不同類型的細(xì)胞進(jìn)行計(jì)數(shù)。點(diǎn)擊Cell Counter中的Results就可以看見不同類型細(xì)胞的數(shù)量。Cell Counter與Multi-Point手動計(jì)數(shù)方法相比可對不同細(xì)胞類型計(jì)數(shù)。

常規(guī)自動計(jì)數(shù)過程

打開ImageJ軟件，F(xiàn)ile –>Open打開需要分析的圖片：

Image –> Type -> 8-bit (改為灰度圖像)

Image -> Adjust -> Threshold 調(diào)節(jié)閾值，紅色代表選中，使所有細(xì)胞核均被選中，Dapi圖中閾值為11-255 –> Apply

注：熒光圖片背景為黑色，需要勾選下面的Dark background，表示背景為黑色

Apply以后圖片為：

對于豆子圖片，閾值范圍為37-255->Apply

Apply后得到圖片為：

從上面Apply后的圖片可以看到很多細(xì)胞連在一起，細(xì)胞計(jì)數(shù)時(shí)需要將其分開。

Process -> Binary -> watershed (分水嶺分割方法，將連在一起的細(xì)胞分開)

得到分割效果如下：

安裝方法

1、首先等待ImageJ軟件官方下載完成

2、使用壓縮軟件解壓文件

3、雙擊運(yùn)行“ImageJ.exe”開始安裝

4、自定義安裝目錄后等待安裝完成后即可注冊登錄使用